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COVID-19 : On avance sur l’origine du coronavirus

Actualité publiée il y a 2 semaines 6 jours 10 heures
Nature Medicine

Ces scientifiques « de pointe » du Scripps Institute (La Jolla) mettent fin définitivement à une théorie du complot d’un virus pandémique fabriqué en laboratoire. Leur analyse des données publiques de séquençage génomique du SARS-CoV-2 et de virus apparentés n’identifie aucune preuve pouvant suggérer un virus artificiel et au contraire, vient confirmer son origine naturelle. Des conclusions d’une importance capitale, présentées dans la revue Nature Medicine qui non seulement mettent fin aux rumeurs qui circulent sur les origines du virus mais qui permettent de se rapprocher des origines possibles du nouveau coronavirus.

Le nouveau coronavirus SARS-CoV-2 qui a émergé dans la ville de Wuhan, en Chine en décembre dernier a provoqué une pandémie, COVID-19. Sa propagation stabilisée ces deux dernières semaines à environ 80.000 cas en Chine, se poursuit à grande vitesse dans 154 pays avec ce jour 18 mars, un total de 200.000 cas confirmés (Chine comprise) et de 8.000 décès.

« En comparant les données disponibles sur la séquence du génome pour les souches de coronavirus connues, nous pouvons fermement affirmer que le SRAS-CoV-2 est le fruit de processus naturels », confirme l’auteur principal, Kristian Andersen, PhD, professeur agrégé d'immunologie et de microbiologie au Scripps Research.

L'analyse des données génomiques du SARS-CoV-2 n’identifie aucune preuve d’un virus fabriqué en laboratoire

Les coronavirus sont une grande famille de virus qui peuvent provoquer des maladies à sévérité extrêmement variable. La première maladie grave connue causée par un coronavirus est apparue avec l'épidémie de syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS) en 2003 en Chine. Une deuxième flambée épidémique liée à un coronavirus s’est développée en 2012 en Arabie saoudite avec le syndrome respiratoire du Moyen-Orient (MERS).

Le séquençage du génome du SRAS-CoV-2 a eu lieu très rapidement après le début de l'épidémie ; les scientifiques chinois ont mis les données à la disposition des chercheurs du monde entier. L’équipe californienne a utilisé ces données de séquençage pour explorer les origines et l'évolution du SRAS-CoV-2 en se concentrant sur plusieurs caractéristiques révélatrices du virus.

 

 

L’analyse du modèle génétique des protéines de pointe : les protéines de pointe sont les « armatures » présentes à l'extérieur du virus que le virus utilise pour saisir et pénétrer les parois externes des cellules hôtes. Les chercheurs se concentrent sur 2 caractéristiques importantes de la protéine de pointe :

  • le domaine de liaison aux récepteurs (RBD : receptor-binding domain), une sorte de grappin qui adhère aux cellules hôtes,
  • le site de clivage, un « ouvre-boîte moléculaire » qui permet au virus d’entrer dans les cellules hôtes.

 

 

Les preuves d’une évolution naturelle : les scientifiques montrent que le site de liaison aux récepteurs a évolué pour cibler efficacement une caractéristique moléculaire à l'extérieur des cellules humaines appelée ACE2, un récepteur impliqué dans la régulation de la pression artérielle. La protéine de pointe de SARS-CoV-2 se montre si efficace à se lier aux cellules humaines, que les scientifiques en concluent que

SARS-CoV-2 ne peut être que le résultat de la sélection naturelle et non un produit du génie génétique.

Ces preuves sont également étayées par des données sur le « squelette » ou structure moléculaire globale du virus SARS-CoV-2. En effet ce squelette est décrit comme considérablement différent de ceux des autres coronavirus qui auraient pu servir de modèle en cas de développement artificiel en laboratoire. Ainsi, la structure moléculaire du SRAS-CoV-2 s’apparente à celles de des virus apparentés trouvés chez les chauves-souris et les pangolins.

 

Ces deux caractéristiques du virus, les mutations dans le site de liaison de la protéine de pointe et son squelette bien spécifique, excluent l’hypothèse d’un virus, fruit d’une manipulation en laboratoire. Des conclusions qualifiées par d’autres experts comme « d'une importance capitale pour mettre fin aux rumeurs qui circulent sur les origines du virus ».

 

Alors, quelles origines possibles du virus ? A ce stade, et sur la base de cette analyse de séquençage génomique, les scientifiques favorisent 2 scénarii :

  • Dans le premier scénario, le virus a évolué vers son état pathogène actuel par sélection naturelle dans un hôte non humain, puis a sauté chez l'homme. C'est ainsi que des épidémies de coronavirus ont émergé, les humains contractant le virus après une exposition directe aux civettes (SRAS) et aux chameaux (MERS). Dans cette hypothèse, les chercheurs suggèrent

les chauves-souris comme réservoir le plus probable pour le SRAS-CoV-2

car le virus est très proche d’un coronavirus de chauve-souris. Il n'y a cependant aucun cas documenté de transmission directe de la chauve-souris à l'homme, ce qui suggère qu'un hôte intermédiaire a probablement été impliqué entre les chauves-souris et les humains.

Dans ce scénario, les deux caractéristiques distinctives de la protéine de pointe auraient évolué vers leur état actuel avant d’infecter l'Homme. Dans ce cas, l'épidémie actuelle aurait émergé rapidement dès que les humains auraient commencé à être infectés, le virus ayant déjà développé les caractéristiques qui le rendent pathogène et capable de propagation interhumaine.

 

  • Dans le second scénario envisagé, c’est une version non pathogène du virus qui aurait sauté d'un hôte animal à l'Homme, puis aurait chez l’Homme vers son état pathogène actuel. Certains coronavirus de pangolins ont une structure de site de liaison très similaire à celle du SRAS-CoV-2. Un coronavirus d'un pangolin aurait pu éventuellement être transmis à un humain, soit directement, soit par l'intermédiaire d'un hôte intermédiaire tel que des civettes ou des furets. Ensuite, les caractéristiques du SRAS-CoV-2 auraient pu évoluer au sein de l’hôte humain et le virus, alors plus capable de propagation interhumaine, aurait déclenché l'épidémie actuelle.

 

« Il est difficile, voire impossible, de savoir à ce stade lequel de ces scénarii est le plus probable », concluent les scientifiques. « Le scénario d’une infection chez l’Homme sous sa forme pathogène actuelle et à partir d'une source animale augmente le risque de futures épidémies, car la souche pathogène du virus pourrait encore circuler en population animale et pourrait à nouveau infecter les humains. Les probabilités du second scénario, c’est-à-dire d’un coronavirus non pathogène infectant les humains et évoluant ensuite sont bien plus minces ».