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COVID-19 : Les eaux usées pour identifier les variants préoccupants

Actualité publiée il y a 6 mois 1 semaine 2 jours
Nature Communications
Il semble possible à partir des nouvelles mutations du virus identifiées par l’analyse des eaux usées, pouvoir suivre l’évolution du virus, identifier ses réservoirs possibles et cerner les mutations caractéristiques des prochaines variantes préoccupantes (Visuel Adobe Stock 309880304)

Cette équipe de l'Université du Missourii-Columbia cherche à détecter les nouvelles variantes préoccupantes du SRAS-CoV-2 dans les eaux usées de New York. L’étude, publiée dans la revue Nature Communications suggère possible à partir des nouvelles mutations du virus identifiées par l’analyse des eaux usées, de suivre l’évolution du virus, d'identifier ses réservoirs possibles et de cerner les mutations caractéristiques des prochaines variantes préoccupantes.

 

Les dernières variantes du COVID, dont Delta et Omicron se sont propagées comme une traînée de poudre à travers le monde en quelques mois, amenant de nombreux scientifiques à s’interroger sur la nature et l’imminence du prochain variant. Les variantes, telles que Delta ou Omicron, peuvent contenir une ou de multiples mutations au sein de leur séquence virale qui les distinguent des autres variantes du SRAS-CoV-2 et expliquent leur contagiosité ou leur virulence.

 

Alors que jusque-là, l’analyse des eaux usées permettait "juste" de suivre la propagation du virus, cette équipe a peut-être trouvé une autre application :

Prévoir quels seront les prochains variants.

L’équipe multi-institutionnelle, menée par le virologue Marc Johnson, professeur de microbiologie moléculaire et d'immunologie à l'Université du Missouri, vient de détecter 4 variantes « cryptiques » du SARS-CoV-2, le virus qui cause le COVID-19, dans des échantillons d'eaux usées du réseau d'égouts public de la ville de New York. Les variantes « cryptiques » portent des mutations qui ne s’expriment que dans certains contextes. Les mutations "cryptiques" identifiées à New York semblent pouvoir être liées à d'éventuelles origines animales.

 

L’hypothèse des rats d’égouts : bien que ces origines n'aient pas encore été vérifiées, les chercheurs font l’hypothèse qu’une source possible pourrait être les rats des égouts de New York…

 

« Ces variantes bouillonnent partout, y compris Omicron, qui a fini par se répandre dans la population générale et a fait des ravages. Nous pensons que ces variantes étranges pourraient donner naissance aux prochaines variantes préoccupantes COVID-19 ».

 

À la chasse aux mutations virales : les virologues de plusieurs instituts de recherche en collaboration avec des responsables du Département de Protection de l'environnement de la ville de New York ont analysé des échantillons d'eaux usées afin de suivre la propagation du coronavirus. C’est alors qu’ils ont identifié

 

  • de nouvelles mutations ne ressemblant à aucune des séquences connues circulant à ce moment-là.
  • Les mêmes constats ont été effectués ensuite à Saint-Louis.

 

Un processus biologique appelé "évolution convergente" : le principe est qu’un animal porteur du virus à Saint-Louis ne va pas le transmettre au même type d'animal à New York, par conséquent, l'évolution du virus se fait de manière indépendante dans les deux localisations. Mais comme il s'agit du même animal réservoir, le virus a le même aspect aux 2 localisations.

 

La surveillance des eaux usées est donc une technique rapide, peu coûteuse, qui apporte des données objectives, et peut être mise en œuvre dans de nombreux contextes. Ainsi, en surveillant les mutations du virus dans les eaux usées, à différentes localisations, les scientifiques pensent possible de remonter jusqu'à ses réservoirs (animaux) et d'identifier les variantes présentant des mutations plus menaçantes pour l’Homme.