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COVID-19 : Sur la piste du variant Omicron

Actualité publiée il y a 6 mois 3 semaines 4 jours
Science
3D Structure of Spike with Amino Acid Changes (GISAID)

Ces experts de l’University of the Witwatersrand (Johannesburg, Afrique du Sud) appellent à suivre, à la trace et partout dans le monde, la propagation d'Omicron à partir de données moléculaires. En d’autres termes, les chercheurs apportent, dans la revue Science, le mode d’emploi de détection du variant par test PCR. Un mode d’emploi qui permet d’apprécier et de comparer les effets respectifs des 2 variants, Omicron et Delta et de mieux orienter les politiques de Santé publique face à l’émergence d’Omicron.

 

Le 26 novembre, la nouvelle variante Omicron a été désignée variante préoccupante du coronavirus SRAS-CoV-2, responsable de la maladie COVID-19. Si le degré de virulence du nouveau variant reste à préciser, sa capacité de propagation est déjà jugée élevée. Être capable par test PCR de mieux estimer la prévalence d'Omicron dans le monde, au niveau des infections, mais aussi des complications, des hospitalisations et des décès est crucial pour ajuster les politiques de santé publique.

Un suivi de la prévalence des différents variants est accessible sur le site du GISAID

Un suivi quotidien et mondial des nouveaux variants

L’équipe de virologues sud-africains rappelle que le test PCR (Thermo Fisher TaqPath COVID-19) s’est montré très utile pour suivre la propagation du COV Alpha (B.1.1.7) en raison d’une suppression des acides aminés 69 et 70 dans la protéine de pointe (S) d'Alpha, détectable. Or le variant Omicron partage avec Alpha cette spécificité et Alpha ne circule plus qu’à des niveaux négligeables dans le monde. Par conséquent, le même test PCR peut aujourd’hui être utilisé comme indicateur rapide de la vitesse de propagation d'Omicron, à condition que la détection initiale de la circulation locale ait été confirmée par séquençage.

 

Les chercheurs appellent donc les pays à recueillir quotidiennement ces données, à la fois lors des décomptes de cas, mais aussi d'hospitalisations et de décès, ce qui permettrait à la fois de confirmer la capacité de propagation élevée d’Omicron mais aussi de préciser sa virulence ou sa dangerosité.  Ces données permettraient de comprendre la fraction des infections causées par Omicron (par rapport à Delta), d’apprécier la gravité des cas d'Omicron, telle que mesurée par la mortalité et l'hospitalisation. Compte-tenu de l’efficacité de la technique PCR existante à détecter cette particularité d’Omicron, les experts soutiennent que même dans les milieux à plus faibles ressources où l'échantillonnage génomique est absent, peu fréquent ou caractérisé par de longs délais d'exécution, ces données spécifiques à la protéine Spike S peuvent ainsi permettre d’évaluer le risque posé aujourd’hui par le nouveau variant Omicron,

  • Mais aussi le degré de protection immunitaire conféré par l'immunité naturelle et vaccinale dans les cas d'Omicron.

 

« Pour évaluer les risques et orienter les politiques de santé, il est urgent d'encourager le partage rapide de données de surveillance génomiques sur la protéine de pointe S à l'échelle mondiale ».

 

Un suivi de la prévalence des différents variants est accessible sur le site du GISAID (Visuel 2).