COVID-19 : Toujours plus d’échappement chez les variants émergents
Une infectiosité accrue c’est-à-dire une circulation plus élevée, c’est l’évolution du SRAS-CoV-2 -et donc de ses variants émergents- prévue par modélisation par ces épidémiologistes de la Michigan State University. Les chercheurs rapportent dans ACS Infectious Diseases et le Journal of Chemical Information and Modeling, à partir de leur modèle d'intelligence artificielle (IA), qu’Omicron et d'autres variants vont bien développer une infectivité accrue et un échappement aux anticorps « existants ». Par conséquent, de nouveaux vaccins et thérapies par anticorps sont nécessaires de toute urgence, selon les chercheurs.
Annoncée pour la première fois par l'Organisation mondiale de la Santé (OMS) le 26 novembre 2021, Omicron s'est propagé rapidement, devenant la variante dominante dans le monde. Cette percée a montré combien il est essentiel de comprendre comment le SRAS-CoV-2 évolue pour prédire l’incidence des infections de percée (« breakthrough infections ») et concevoir des vaccins résistants aux mutations ainsi que de nouveaux traitements par anticorps monoclonaux.
La première étude, menée par Guo-Wei Wei, professeur de mathématiques, de biochimie, de biologie moléculaire et de bioingénierie, a analysé près de 1,5 million de séquences du génome du SRAS-CoV-2 prélevées sur des patients atteints de COVID-19. Les chercheurs ont identifié 683 mutations uniques dans le domaine de liaison au récepteur (RBD), la région de la protéine de pointe SARS-CoV-2 qui se fixe au récepteur ACE2 humain à la surface des cellules humaines. Leur modèle basé sur l’intelligence artificielle (IA) a permis de prédire comment ces mutations affectent la force de liaison du RBD à ACE2 et à 130 anticorps, dont plusieurs anticorps monoclonaux utilisés comme thérapies. Les découvertes de l’équipe sont frappantes :
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les mutations-mêmes qui renforcent l'infectiosité sont le moteur de l'évolution virale ;
- les mutations qui permettent au virus d'échapper aux vaccins (qui lui confèrent une capacité d’échappement immunitaire) se développent au contact des populations largement vaccinées ;
- enfin, certaines combinaisons de mutations ont une forte probabilité de propagation massive.
Une autre étude de la même équipe, publiée dans le Journal of Chemical Information and Modeling, s’est concentrée sur l'infectivité du variant omicron, les infections de percée (breakthrough infections ou infections survenant après la vaccination) et la résistance aux anticorps. Le modèle basé sur l’IA a permis d’analyser comment le nombre inhabituellement élevé de mutations sur la protéine de pointe d’omicron affecte la liaison de RBD à l'ACE2 et aux anticorps. Cette analyse révèle que :
- Omicron est plus de 10 fois plus infectieux que la souche d'origine ;
- 2,8 fois plus infectieux que la variante delta ;
- Omicron est 14 fois plus susceptible que delta d'échapper aux vaccins actuels ;
- Omicron pourrait compromettre l'efficacité de plusieurs thérapies par anticorps monoclonaux.
Bon nombre de ces prédictions ont déjà été vérifiées par des résultats expérimentaux ou des rapports empiriques. Ces données soulignent l'importance et l’urgence de développer une nouvelle génération de vaccins et d'anticorps monoclonaux plus universels c’est-à-dire moins « sensibles » aux mutations virales.
Source: ACS Infectious Diseases 8 Feb, 2022 DOI: 10.1021/acsinfecdis.1c00557 Emerging Vaccine-Breakthrough SARS-CoV-2 Variants
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Cette actualité a été publiée le 17/02/2022 par