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COVID-19 : De nouvelles données sur l’excrétion, la transmission et la contamination

Actualité publiée il y a 3 mois 1 semaine 4 jours
medRxiv
81,3% des articles personnels divers dont l’équipement médical (spiromètre, oxymètre de pouls, canule nasale), présentent des traces de l'ADN viral

Cette nouvelle étude, accessible sur le portail medRxiv n’a pas encore été validée par des pairs ni publiée dans une revue scientifique. Cependant ses auteurs, des experts de l'Université et du National Strategic Research Institute du Nebraska et de la United Stated Air Force School of Aerospace Medicine ainsi que ses données, extrêmement documentées, sur l'excrétion et la transmission virales du nouveau coronavirus SARS-CoV-2, engagent à présenter ici les principales conclusions.

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D’autant que le manque de « preuves » sur la dynamique de transmission du SRAS-CoV-2 a conduit à différencier les mesures de prévention contre la transmission via l'air et les gouttelettes. Ici, les chercheurs ont mesuré très précisément l’excrétion et la rémanence du virus au cours de l'isolement ou de la prise en charge en réanimation de 13 patients confirmés avec COVID-19.

Ces données soutiennent la mise en œuvre de protections contre la transmission par voie aérienne.

 

Coronavirus et transmission aérienne : la pandémie de COVID-19 pourrait représenter l'urgence de santé publique la plus importante du siècle, il est évident que bien comprendre les modes de transmission du nouveau coronavirus SARS-CoV-2 est un facteur clé pour protéger les professionnels de santé et pouvoir mettre en œuvre des mesures de santé publique efficaces.

Le manque de données probantes sur la dynamique de transmission du SRAS-CoV-2 et la pénurie d’EPI ont conduit à ne pas prendre toutes les précautions contre une transmission aérienne du virus.

  • Pourtant, les autres coronavirus émergents (SRAS et MERS) ont été documentés comme ayant un potentiel de transmission aéroporté en plus d’e la transmission par contact direct, par gouttelette et de personne à personne et par contact indirect via des objets contaminés (fomites) ;
  • au moins une étude -citée par les chercheurs- a suggéré que le MERS-CoV peut être transmis par des sujets légèrement malades ou asymptomatiques ;
  • des prélèvements de surfaces de zones de soins de patients infectés par le MERS et le SRAS ont été testés positifs par PCR ;
  • enfin, les coronavirus ont été impliqués dans des flambées nosocomiales avec rapports de transmission liés à la contamination de l'environnement. Si des cas de transmission nosocomiale de SRAS-CoV-2 ont été signalés, le rôle de la transmission par air et aérosol reste incertain.

 

 

Prélèvements autour de 13 patients : les chercheurs ont prélevé des échantillons d'air et sur les différences surfaces des objets, dispositifs de soin et surfaces des salles d'isolement de chacun des 13 patients, traités en unité de confinement (Nebraska Biocontainment Unit) à pression négative ou en unité de quarantaine pour les cas plus légers. L’analyse constate des différences considérables d’excrétion virale au niveau de l’environnement de chacun des patients. L’étude retrouve néanmoins des preuves de contamination virale sur de nombreux objets couramment utilisés, de toilette notamment et dans des échantillons d'air, suggérant que le SRAS-CoV-2 est rejeté dans l'environnement. Contrairement aux précédentes études menées sur le sujet, les chercheurs suggèrent que la maladie COVID-19 se propage par :

  • contact direct : gouttelette et personne à personne
  • contact indirect : objets contaminés (fomites) et transmission par voie aérienne ;

ces données soutiennent une excrétion du virus au cours de la respiration, la toilette et le contact avec les fomites ainsi donc que la mise en œuvre de précautions contre la transmission par voie aérienne.

Précisément, les échantillons de surface et d'aérosols ont été analysés par RT-PCR ciblant le gène E de SARS-CoV-2. L’analyse montre que :

  • sur les 163 échantillons prélevés, 126 (77,3%) sont « PCR positif » pour le SRAS-CoV-2.
  • les concentrations mesurées pour chaque type d’échantillon sont généralement faibles et très variables, allant de 0 à 1,75 copies / μL, la plus forte concentration ayant été relevée sur une grille d’aération de la zone de soin en confinement ;
  • 76,5% de tous les articles personnels échantillonnés ont été jugés positifs pour le SRAS-CoV-2 par
  • PCR ;
  • 81,3% des articles personnels divers dont l’équipement médical (spiromètre, oxymètre de pouls, canule nasale), l’ordinateur personnel, iPad, lunettes étaient positifs par PCR, avec une concentration moyenne de 0,217 copies / μL ;
  • les téléphones mobiles étaient positifs à 83,3% pour l'ARN viral (0,172 copie / μL en moyenne) ;
  • les télécommandes des téléviseurs des chambres de quarantaine étaient positives à 64,7% (moyenne de 0,230 copies / μL) ;
  • les échantillons des toilettes positifs à 81,0% ( concentration moyenne de 0,252 copies / μL) ; cette concentration d’ARN viral semble conforme aux données d’études portant sur l’excrétion virale dans les selles.
  • parmi toutes les surfaces des pièces échantillonnées, 80,4% étaient positives pour l'ARN du SRAS-CoV-2 (notamment 75,0% des tables de chevet et des barrières de lit, des rebords de fenêtres…)
  • les échantillons de plancher et de grille de ventilation ont également été testés positifs par RT-PCR, avec des concentrations moyennes de 0,447 et 0,819 copies / μL, respectivement.

 

 

Et les échantillons d’air ?

L’analyse des prélèvements de l’air intérieur à la fois dans les chambres et dans les couloirs apporte de toutes nouvelles données sur l'excrétion virale aéroportée dans ces installations :

  • ces échantillons d'air ambiant sont positifs à 63,2% par RT- PCR ;
  • les chercheurs précisent que lors d’un échantillonnage au 16e jour de réanimation d’un patient, un échantillonneur a été placé près du patient et un échantillonneur a été placé près de la porte à 1,80 m du lit du patient qui recevait de l'oxygène via une canule nasale. Les deux échantillons sont positifs par PCR ;
  • les échantillons d’air relevés à l'extérieur des chambres dans les couloirs étaient également positifs à 66,7% avec une concentration moyenne de 2,59 copies / L d'air ;
  • les échantillonneurs d'air de l'échantillonnage « Biocontainment Unit » ont indiqué la présence d'ARN viral après seulement 20 minutes d’activité d'échantillonnage ;
  • enfin, la modélisation du flux d'air suggère que des tourbillons d’air pourraient se former sous le lit du patient, ce qui pourrait expliquer la contamination observée sous le lit, tandis que le flux d'air dominant pourrait éloigner les particules virales du lit du patient vers les limites de la pièce, entraînant des dépôts notamment sur les bords des fenêtres.

 

 

Ces traces virales dans l’air sont-elles contaminantes ? Les chercheurs précisent ici que ces échantillons d'air positifs pour l'ARN viral par RT-PCR ont été testés pour la propagation virale sur des cellules Vero E6,

  • sans preuve d’effet cytopathique dans aucun échantillon :

ces tests n’ont donc pas indiqué la présence d’antigènes viraux suggérant une réplication possible. Cependant, les chercheurs poursuivent leurs tests pour valider l’absence d’activité virale dans ces échantillons.

 

La « contamination » est présente dans tous les types d'échantillons (air, surface, dont articles personnels, surfaces des pièces, chambres, zones de soin, couloirs et toilettes), en concentration plus ou moins élevée. Les chercheurs rappellent cette étude récente montrant que SRAS-CoV-2 déposé en aérosol sur des surfaces, peut persister de plusieurs heures à 2 jours.

 

Et si l’étude n’a pas déterminé la taille des gouttelettes et des particules du SRAS-CoV-2, les données suggèrent que les particules virales d'aérosol sont produites par les patients atteints de COVID-19, même en l'absence de toux.