MÉTABOLOMIQUE : Identifier le pathogène en quelques minutes ?
Pouvoir identifier des agents pathogènes en quelques minutes au lieu de plusieurs jours, c’est possible avec le recours à la spectrométrie de masse, sans besoin d’isolement ni de multiplication fastidieuse, promet cette équipe de biologistes de la Technical University of Munich (TUM). L’approche, présentée dans la revue Nature Communications, utilise la métabolomique ou l’étude des métabolites spécifiques, issus des bactéries.
Traditionnellement, le diagnostic des maladies bactériennes repose sur l'isolement des agents pathogènes et le développement de cultures bactériennes. Des délais d'attente de plusieurs jours sont alors généralement nécessaires. Les auteurs principaux, Nicole Strittmatter, professeur de chimie analytique à la TUM et le Dr James S. McKenzie (Imperial College) ont eu l’idée d’utiliser la spectrométrie de masse qui évalue les masses moléculaires des composés afin de les identifier. Et cette identification passe ici par l’analyse des métabolites spécifiques de bactéries, directement dans des échantillons de tissus et de selles.
Une base de données de centaines de bactéries et de métabolites bactériens
L’approche innovante consiste donc à ne pas rechercher directement les bactéries pathogènes, mais uniquement leurs produits métaboliques. Cela permet de détecter finalement les bactéries beaucoup plus rapidement.
Afin de pouvoir mettre en œuvre cette approche d’identification, l’équipe a constitué une base de bactéries, contenant aujourd’hui 232 espèces bactériennes importantes sur le plan médical et leurs produits métaboliques. Des biomarqueurs sont dérivés de cette base de données, permettant ainsi de détecter directement des bactéries spécifiques.
- Parmi les bactéries identifiées figurent des agents pathogènes cliniquement importants, pouvant par exemple déclencher un cancer de l'estomac, être responsables de pneumonies et de méningites, être associés à des naissances prématurées et provoquer une gonorrhée ou une septicémie.
Vers une médecine mieux personnalisée : dans de nombreuses situations, le bon traitement dépend de l’identification du pathogène. Et les interventions ciblées peuvent améliorer considérablement les résultats de traitement.
La base de données de biomarqueurs va continuer à être enrichie afin de permettre une utilisation régulière de la nouvelle approche, en pratique clinique. Alors que plus de 1.400 agents pathogènes bactériens sont documentés, il « reste » à répertorier l’ensemble de leurs produits métaboliques spécifiques.
Source: Nature Communications 2 Jan, 2025 DOI : 10.1038/s41467-024-55457-7 Universal, untargeted detection of bacteria in tissues using metabolomics workflows
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Cette actualité a été publiée le 9/06/2025 par
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