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MICROBIOME et ÉVOLUTION: Des millions d'années de symbiose entre nous et nos microbes

Actualité publiée il y a 2 années 8 mois 3 jours
Science

Alors que les origines des lignées bactériennes qui peuplent l'intestin humain étaient jusque-là inconnues, ces chercheurs montrent ici, par techniques de séquençage, que les bactéries « utiles » qui forment le microbiote des singes ou des humains d’aujourd’hui sont les descendantes de bactéries anciennes qui ont colonisé les entrailles de nos ancêtres communs, et pour les premières d’entre elles, il y a plus de 15 millions d’années. Bref nos bactéries intestinales ne nous viennent pas de notre environnement, ou partiellement seulement. Une bonne partie de notre microbiome a évolué conjointement avec l’Homme. Des conclusions passionnantes, publiées dans la revue Science, qui contribuent à justifier le rôle clé joué par notre microbiome dans notre équilibre et notre santé.

Bref, les bactéries du microbiote intestinal humain (ainsi que de celui des singes « modernes ») ne sont pas simplement acquises par exposition à notre environnement, suggère cette étude mais sont le résultat d'une très longue co-évolution « à l'intérieur » des hominidés, cette co-évolution ayant contribué à façonner notre système immunitaire.


Des résultats qui ouvrent une toute nouvelle perspective de recherche sur ces relations symbiotiques uniques entre nous et nos microbes. Les chercheurs des Universités du Texas, de Californie Berkeley et d'autres Instituts de recherche prestigieux, menés par le Dr Andrew Moeller ont développé une méthode permettant de comparer des séquences de gènes bactériens dans des échantillons fécaux et de suivre leur évolution. Cette méthode a été appliquée à l'analyse d'échantillons venant de différentes espèces de singes (chimpanzés de Tanzanie, bonobos du Congo, gorilles du Cameroun), et venant de participants humains. Les chercheurs ont pu ainsi comparer les arbres généalogiques de plusieurs lignées bactériennes, et finalement constater que leur évolution suivait étroitement celle de leurs hôtes.

Des bactéries modernes descendantes de bactéries anciennes, résidant chez nos ancêtres : Ils constatent également que les espèces bactériennes distinctes chez un hôte sont finalement plutôt rarement transférés à d'autres hôtes. Une découverte qui suggère que les bactéries ont évolué selon un schéma ou modèle unique, en symbiose avec leur hôte et que les bactéries intestinales résidant dans notre microbiote sont les descendantes de bactéries anciennes, résidant chez nos ancêtres.

Ces bactéries anciennes ont colonisé les entrailles de nos ancêtres communs, expliquent les auteurs. Elles ne sont donc pas simplement le résultat de notre exposition à l'environnement, mais celui d'une coévolution de millions d'années avec les hominidés, ayant permis d'aboutir à notre système immunitaire moderne.


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