MALADIE PULMONAIRE : Le séquençage métagénomique permet sa détection précoce

Le séquençage métagénomique surpasse les méthodes traditionnelles

Les tests microbiologiques conventionnels sont basés sur la croissance de cultures, la microscopie et les tests PCR ciblés, offrant une bonne spécificité mais une portée limitée. Si ces tests sont efficaces et rentables pour les infections courantes, ils restent insuffisants pour la détection rapide d'agents pathogènes rares/atypiques (p. ex., Pneumocystis, herpèsvirus). C’est là que le séquençage métagénomique trouve toute sa valeur ajoutée.

L'étude, menée auprès de 133 patients atteints de maladies pulmonaires, révèle que le nouveau test mNGS permet de :

• détecter des agents pathogènes, mêmes rares, dans 86 % des cas, surpassant alors largement les tests traditionnels qui fonctionnent dans 67 % des cas ;
• détecter ces pathogènes sur un spectre beaucoup plus large : le mNGS identifie ici 59 bactéries, 18 champignons, 14 virus et 4 agents pathogènes spécifiques alors que les tests standards n'en détectent que 28 ;
• au total, le nouveau test mNGS se révèle être un outil de diagnostic beaucoup plus complet pour les infections pulmonaires ;
• le nouveau test mNGS excelle tout particulièrement dans la détection des agents pathogènes atypiques, tels que Mycobacterium tuberculosis, Mycoplasma pneumoniae, Chlamydia psittaci, et des infections fongiques telles que Pneumocystis jirovecii et Talaromyces marneffei. Ces agents pathogènes, souvent ignorés par les méthodes traditionnelles, sont ici identifiés avec succès ;

• 41 % des participants ont pu bénéficier de traitements plus ciblés.

Quelles implications ? Le nouveau test va permettre d’orienter, et plus rapidement, les décisions thérapeutiques dans les cas d'agents pathogènes atypiques difficiles à diagnostiquer, améliorant ainsi les résultats pour les patients. Dans cette étude, le test a permis d’améliorer le pronostic de 16 patients infectés par des agents pathogènes généralement non détectés par les tests conventionnels.

« Le séquençage métagénomique de nouvelle génération offre une approche diagnostique à large spectre, rapide et précise », concluent les auteurs, qui appellent à l’intégration de ce type de tests dans l’analyse multidimensionnelle nécessaire au diagnostic des infections pulmonaires.